North West
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- Upper San Juan
- Lower San Juan
- Jemez Area
- Valles Caldera
- Rio San Antonio
- Jemez River
- Guadalupe
- Rio Cebolla
- Rio de las Vacas
- Chama Area
- Upper Rio Chama
- Middle Rio Chama
- Lower Rio Chama
- Heron Lake
- El Vado Reservoir
- Rio de Los Brazos
- Abiquiu Lake
- Hopewell Lake
- Placer Creek
- Rio Vallecitos
- Rio de los Pinos
- Cruces Basin
- Cruces Creek
- Beaver Creek
- Diablo Creek
- Escondido Creek
- Lobo Creek